Il 23 maggio 1498 il monaco fu prima impiccato, poi il suo corpo fu bruciato e le sue ceneri furono sparse nell'Arno, affinché non se ne avesse più memoria. Il personaggio rimane ancora oggi discutibile e discusso. Per quanto ci riguarda dobbiamo chiederci se è legittimo considerano come precursore della Riforma e definire "evangelica" la sua predicazione.
Il giorno del giudizio.
La folla si accalcava in Piazza della Signoria, tutti erano accorsi per vedere "il miracolo", come lo chiamavano. Era il 7 aprile 1498.
Una schiera di soldati proteggeva il percorso della prova del fuoco, i frati cantavano inni, i carboni furono accesi, tutti attendevano Domenico da Pescia che si esponeva, per conto di Savonarola, ad affrontare la prova per stabilire il giudizio di Dio sul predicatore fiorentino.
Un improvviso acquazzone spense il fuoco e rovesciò acqua e grandine sulla folla che, inzuppata, se ne tornò a casa delusa. Fu facile il giorno seguente per alcuni agitatori istigare il popolo e condurlo urlante a San Marco; Girolamo Savonarola si era ritirato per pregare e solo l'ingresso dei soldati interruppe il silenzio.